"PRIMERO.- La Administración General del Estado combate la sentencia dictada el 5 de noviembre de 2012 por la Sección Segunda de la Sala de lo Contencioso- Administrativo de la Audiencia Nacional, que, acogiendo en su integridad el recurso 72/10, anuló la resolución aprobada por el Tribunal Económico-Administrativo Central el 20 de enero de 2010. Esta decisión administrativa de revisión había desestimado las reclamaciones 2640/09 y 2656/09, respectivamente interpuestas frente a sendos acuerdos adoptados el 20 de abril de 2009 por la Dependencia Regional de Inspección de Zaragoza, uno liquidando el impuesto sobre sociedades de los ejercicios 2003 a 2005, con una deuda tributaria de 842.660,43 euros, y el otro imponiendo una sanción de 362.043,96 euros.

La Sala de instancia estimó la demanda, en síntesis, porque (véanse los pasajes de su decisión reproducidos en el primer antecedente de esta sentencia), habiendo sido comprobadas en un procedimiento limitado las deducciones por reinversión de los beneficios extraordinarios aplicadas por la compañía demandante (ISABENA) en las autoliquidaciones del impuesto sobre sociedades de los ejercicios 2003 y 2004, con la consiguiente aprobación de las correspondientes liquidaciones provisionales, no podía con posterioridad la misma operación ser objeto del procedimiento de inspección limitada en el que se adoptaron las liquidaciones y la sanción ratificadas por el Tribunal Económico-Administrativo Central, al no basarse este procedimiento en el descubrimiento de nuevos hechos o circunstancias que resultasen de actuaciones distintas de las realizadas en el anterior de comprobación. Con ello, -entienden los jueces a quo-, la Administración infringió el artículo 140.1 de la Ley General Tributaria de 2003. Extienden su pronunciamiento anulatorio a la liquidación del ejercicio 2005 resultante del procedimiento de inspección, por ser consecuencia de las practicadas en el mismo para los años 2003 y 2004.

La Administración se alza en casación frente al anterior pronunciamiento, esgrimiendo un único motivo de casación, en el que denuncia la infracción del mencionado precepto legal y del artículo 139 de la propia Ley General Tributaria (también sostiene que se han vulnerado los artículos 36 ter de la Ley 43/1995 –EDL 1995/17005- y 42 del texto refundido de la Ley del Impuesto sobre Sociedades –EDL 2004/3271- de 2004, pero, en realidad, no son preceptos que haya podido infringir la Sala de instancia por la sencilla razón de que no los ha aplicado; el abogado del Estado invoca estas normas para sustentar su tesis, dando por supuesto el éxito de su pretensión casacional, de que no procedía la toma en consideración de las ventajas fiscales disciplinadas en dichos preceptos al no afectar la operación en que se obtuvieron los beneficios extraordinarios a bienes que reunieran la condición de inmovilizado, por no estar afectos con carácter permanente al giro empresarial).

Sostiene en ese solitario motivo que la comprobación limitada de los ejercicios 2003 y 2004 se refería a negocios distintos del posterior procedimiento de inspección limitada, que también se extendió al año 2005, habiéndose producido, por tanto, hechos nuevos o circunstancias que resultaban de actuaciones diferentes, circunstancia que, a la luz del repetido artículo 140.1, hacía posible la nueva actuación inspectora...

TERCERO.- Situados en esta precisa perspectiva, el debate queda circunscrito a determinar si, así las cosas, el posterior procedimiento de inspección resultaba posible, habida cuenta de lo dispuesto en el artículo 140.1, en relación con el 139.2.a), ambos de la Ley General Tributaria de 2003...

La cuestión se reduce, por tanto, a la interpretación de este último inciso del artículo 140.1 de la Ley General Tributaria de 2003. Y en este punto, hemos de precisar ya que compartimos el desenlace que alcanza la Audiencia Nacional en la sentencia objeto de este recurso de casación...

A la vista de esta disciplina alcanza todo su sentido la prohibición contenida en el artículo 140.1, vedando a la Administración, si ha mediado resolución expresa aprobatoria de una liquidación provisional, efectuar una nueva regularización en relación con igual obligación tributaria, o elementos de la misma, e idéntico ámbito temporal, «salvo que se descubran nuevos hechos o circunstancias que resulten de actuaciones distintas de las realizadas y especificadas en dicha resolución».

Es designio, pues, del legislador que lo comprobado (o inspeccionado) limitadamente, y que ha dado lugar a una liquidación provisional, no pueda ser objeto de nueva regularización (para las inspecciones limitadas o parciales y sus liquidaciones provisionales, véanse los artículos 141.h) y 148), con la excepción expresada de que se obtengan nuevos hechos en actuaciones distintas de las que fueron objeto de la comprobación limitada

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haría padecer la seguridad jurídica proclamada por nuestra Constitución al más alto nivel (artículo 9.3) que, realizada una comprobación limitada de un determinado elemento de la obligación tributaria (v.gr.: la deducción por reinversión de beneficios extraordinarios), pese a tener a su disposición todos los datos precisos (por haberlos suministrado el obligado o por contar ya con ellos), la Administración se concentre a su albur sólo en alguno de ellos, aprobando la oportuna liquidación provisional, para más adelante regularizar y liquidar de nuevo atendiendo al mismo elemento de la obligación tributaria, pero analizando datos a los que no atendió cuando debía, pese a poder hacerlo por disponer ya de ellos.

Carece de relevancia a estos efectos el alegato del abogado del Estado que pone el acento en el hecho de que la comprobación limitada realizada inicialmente en relación con los ejercicios 2003 y 2004 fue llevada a cabo por los órganos de gestión, mientras que la actuación posterior, de la que derivaron los actos anulados por la sentencia recurrida, se practicó por la Inspección de los Tributos, pues, por definición, la comprobación limitada es un procedimiento desarrollado por y ante los órganos de gestión mientras que el de inspección es competencia propia de aquélla, sin que el artículo 140.1, al impedir una posterior regularización, discrimine entre los órganos de gestión y de inspección, refiriéndose sin más a la Administración tributaria.

Téngase en cuenta, además, que el artículo 140.1 de la Ley General Tributaria de 2003 ha venido a suplir el vacío de que adolecía el artículo 123 de la Ley homónima de 1963, que nuestra jurisprudencia intentó colmar apelando al principio de íntegra regularización de la situación tributaria del obligado, tanto en las actuaciones generales como en las de alcance parcial o limitado, debiendo atenderse, en este segundo caso, a los componentes que conforman el ámbito material sobre el que se desarrolla la actuación...

Las anteriores reflexiones conducen a la desestimación de este recurso y a la confirmación de la sentencia impugnada, sin que resulte, por ello, menester dilucidar si era procedente la deducción por reinversión de beneficios extraordinarios, cuestión a la que la Administración recurrente dedica la segunda parte de su único motivo de casación..."